生物工程學科為校“246X工程”優勢學科。針對生物工程學科的特點和發展趨勢，圍繞區域經濟社會發展和戰略性新興産業需要，學科重點圍繞生物材料與藥物、生物質能源、合成生物學、食品生物技術等4個學科方向開展研究工作。

學科團隊共有40人，其中教授7人、副教授16人，碩士生導師24人，博士化率達95%。擁有省高等學校優秀科技創新團隊1個，省“333工程”培養對象1人，省“六大人才高峰”高層次人才7人，省高校“青藍工程”學術帶頭人2人，省高校“青藍工程”優秀青年骨幹教師4人，省“雙創計劃”博士3人和省“雙創計劃”科技副總7人。

學科擁有江蘇省生物質轉化與過程集成工程實驗室、江蘇省高校益生制劑重點建設實驗室、江蘇省生物工程學科綜合訓練中心、江蘇省植物生産與加工實踐教育中心等4個省級教學科研平台。

學科及其相關支撐學科先後承擔國家級項目19項，省級項目30餘項，年均獲得400餘萬元科研經費。發表SCI/EI論文110餘篇，獲授權發明專利50餘項，成果轉化及推廣25項。獲國家、省及市廳級以上科技進步獎10餘項，已成為地方相關産業科技創新的主力軍。